4 Рекомендации для пользователей параллельного вычислительного кластера

Вычислительный кластер для параллельных вычислений на основе коммуникационной среды Myrinet 2000 доступен для пользователей через интерактивные машины, на которых задачи компилируются и отлаживаются. На интерактивных машинах имеются компиляторы: mpiCC, mpicc, mpif77 и mpiF90. После компиляции и процесса отладки задачи направляются в очередь для обработки в пакетном режиме. Для этого используется команда qsub.

4.1 Использование команды qsub

Существует 2 способа использования команды qsub:

1 Создать script-файл для запуска в пакетном режиме; в этом script-файле определяются параметры, необходимые для работы задачи.
Пример командной строки:

qsub pbs_script

Пример содержания файла pbs_script:

#!/bin/sh

#PBS -q para

#PBS -l walltime=10:00:00,nodes=8:para

#PBS -m abe

#PBS -M username@lxpub01

#PBS -r n

mpiexec $PBS_O_WORKDIR/program_name

2 Ввести все параметры в командной строке.

Пример командной строки:

qsub -q para -l walltime=10:00:00,nodes=8:para -m abe -M \
username@lxpub01 -r n mpiexec $PBS_O_WORKDIR/program_name

4.2 Описание параметров

-q - название очереди пакетной обработки (для параллельных вычислений это "para"),

-l - набор технических параметров, набираемых через ",":

walltime - максимальное время выполнения задачи,

nodes - требуемое количество процессоров (после указания количества процессоров после ":" следует указывать название очереди)

-m - события, происходящие в процессе пакетной обработки задачи, о которых следует извещать по e-mail:

b - начало,

e - завершение,

a - прекращение работы по ошибке;

-M - e-mail адрес, на который будут направляться все служебные сообщения о состоянии задачи

-r - (y/n) (т.е. да или нет) следует ли восстанавливать задачу при перезагрузке узлов

$PBS_O_WORKDIR - это переменная окружения при пакетной обработке, которая инициализируется автоматически в процессе пакетной обработки и значение этой переменной окружения есть абсолютный путь к текущему каталогу пользователя, из которого производится запуск задания посредством команды qsub; т.е. если запускаемый исполняемый модуль, например, myprogr, находится в каталоге, из которого производится запуск, то в команде qsub следует ввести $PBS_O_WORKDIR/myprogr

4.3 Контроль над исполнением задачи

После того, как задача была отправлена в очередь, ее состояние можно контролировать с помощью команды qstat, после ввода которой на экране появляется таблица, столбцы которой имеют следующие значения:

Job id - уникальный идентификатор задачи

Name - имя исполняемой задачи

User - имя владельца задачи

Time Use - общее процессорное время, использованное задачей на данный момент

S - состояние задачи

Q - находится в очереди

R - вычисляется

E - произошла ошибка при выполнении

Queue - название очереди, в которой запущена задача

4.4 Результаты выполнения задачи в пакетной обработке

В рабочем каталоге пользователя появляются 2 файла:

Имя_задачи.oИдентификатор - содержит стандартный вывод (stdout),

Имя_задачи.eИдентификатор - содержит сообщения об ошибках (strerr)

Следует не забывать, что после изменения AFS-пароля необходимо также выполнить команду pbspwstore для обеспечения возможности работы с системой пакетной обработки.